Das Jahr 1232 ist eines der bedeutendsten für das Kloster Seligenthal („vallis felix"). Denn in diesem Jahr wurde es von der bayerischen Herzogin Ludmilla gegründet. Diese stiftete auf dem Grund des Heilig-Geist-Spitals in Landshut „einen Nonnenkonvent des Zisterzienserordens, der in seinem weiblichen Zweig in Bayern noch nicht bekannt ist, jedoch unter den übrigen Orden wie der Morgenstern inmitten der Dunkelheit leuchtet“ – so Ludmilla 1232 in der Stiftungsurkunde. Die ersten Nonnen kamen vermutlich aus einem Zisterzienserinnenkloster im schlesischen Trebnitz. Die Herzogin stattete das Kloster auch mit Grundbesitz aus, nämlich den fünf Dörfern Schwarzenberg, Leming, Ober- und Unterfaustern sowie Ritzenried am Hohen Bogen im Bayerischen Wald. 

Anlass für die Stiftung des Klosters war der Tod ihres zweiten Ehemannes Herzog Ludwig I. im Jahr zuvor, der nach dem Ort seiner Ermordung als „Ludwig der Kelheimer" bekannt ist. Zudem ist er der Gründer der Stadt Landshut. Ludmilla stiftete das Kloster, damit sie „nicht mit leeren Händen vor dem Angesicht des allmächtigen Gottes erscheine" (vgl. Stiftungsurkunde). Im Gegenzug für die Stiftung sollten die im Kloster angesiedelten Nonnen für das Seelenheil der Wittelsbacher beten, konkret den „Namen [des Herrn] anflehen für meine und meiner verstorbenen Ehegatten […] Sünden, sowie zum Heil und Wohlergehen meiner Söhne und unserer Nachfahren“ (vgl. Stiftungsurkunde). 

Der Bestand des Klosters wurde von Anfang an durch Schenkungen und Stiftungen des Adels gesichert und gemehrt. Erst 20 Jahre nach seiner Gründung wurde das Kloster rechtlich vom Heilig-Geist-Spital getrennt.  
 
Ludmilla lebte selbst auch im Konvent, bevor sie 1240 verstarb. Nach ihrem Tod wurde sie zunächst in der Afrakapelle beigesetzt, nach Fertigstellung der Abteikirche dann dorthin übertragen. Heutzutage kann man in der Afrakapelle Herzogin Ludmilla und ihren zweiten Mann, Herzog Ludwig, noch in Form zweier Holzfiguren im frühgotischen Stil bewundern, die u. a. für die frühe Darstellung des weiß-blauen Rautenwappens berühmt sind, das man heute vom bayerischen Landeswappen kennt.